归元秘笈的来历要追溯到百多年前。
当时武林中门派分立，以少林、武当两派声名最盛，弟子众多。
华山、昆仑、点苍、崆峒、雪山、青城、峨眉七派次之，其余门派虽然也各有独特武功，但均无法和以上九大门派相提并论。
各派之中可谓奇材辈出，九派掌门人都自居正宗，互不服输。
为了分出强弱名次，九大门派便相约在中岳少林峰顶，各凭本事武决高下。
比试足足进行了七日七夜，华山、点苍、崆峒、雪山四派率先被淘汰。
武当、少林、昆仑、青城、峨眉五派欲再行比试，分出胜负之时，突然横空杀出来一位天机真人。
九大门派在这次比试中损失了不少精锐弟子，更严重的还有些门派因此而失传了派中绝学。
天机真人闻讯而来，力劝各派掌门停战，以免再徒添伤亡。
但各派掌门等待这个时机已久，誓要为自己的门派争个天下第一出来，岂肯轻易罢休。
天机真人见劝解无用，便对各派掌门发起了挑战，最后凭借一双肉掌以寡敌众，力克各派掌门联手，荣获天下武功第一的尊号。
九大门派的争执也就此打消，中岳少室峰的比武之会，随着天机真人的强势插手半途而散。
天机真人天下第一的名号很快传遍江湖，风头一时无两，不过也因此引出了另一位盖世奇人。
远在阿尔泰山的三音神尼，在听闻天机真人的事迹后，万里迢迢的找上了门来，要跟他一决高下。
这位三音神尼虽然是佛门中人，佛家讲无我无相，无嗔无念，可她却难以堪破心中的嗔念。
在天机真人隐居的青岩峰上，两人展开了一场惊世大战。
力拼了三天三夜，对折五千余招，两人仍是难分胜负，到得第四天，他们又各以上乘内功相拼，最终闹了一个两败俱伤。
天机真人和三音神尼伤势沉重，对坐运功调息，这时候他们都自知命不久矣，因此大彻大悟，化敌为友。